La bandera de la Institución Educativa San Rafael está dividida en dos franjas horizontales de igual dimensión, la superior es de color verde Antioquia y la inferior de color blanco. En la tercia del asta tiene un triángulo de color azul con una estrella. Las dimensiones de las franjas simbolizan la igualdad de condiciones para todos los que entren a formar parte de la Institución. La estrella representa a los estudiantes, sus proyectos de vida, que se materializan con esfuerzo y dedicación. Las franjas de color verde y blanco representan al municipio, el triángulo azul hace énfasis en la institución, porque su labor pedagógica es fundamental en el desarrollo y crecimiento de la localidad.

En los símbolos institucionales, el color azul representa un sentimiento de orgullo y aprecio por la institución, donde las relaciones humanas generan un espacio agradable y acogedor. El color blanco hace referencia al valor de la honestidad, como condición para que la convivencia al interior de la institución se dé un clima de confianza, donde las acciones están cruzadas por la sinceridad y la transparencia. También, hace alusión a un corazón solidario que tiende la mano a las necesidades de los demás y siente como propio el dolor del otro. El color verde refleja las relaciones interpersonales basadas en el respeto a la diferencia, el buen trato y cuidado del entorno natural, así como la capacidad de los actores educativos para hacerse cargo de sus actos y decisiones.