Reseña Histórica
La Institución Educativa San Rafael nace en el año 1958 en el municipio que lleva su nombre.
A través de la ordenanza 9 del 18 de noviembre de 1963, se constituye el Liceo Departamental Pbro. José de Jesús Correa.
En 1971, mediante decreto departamental 0547 del 31 de mayo, se fusiona el Liceo Departamental de Señoritas con el Liceo de Varones.
La resolución 008448 del 16 de noviembre de 1993, aprobó hasta 1997, las modalidades de Salud y Nutrición, Agropecuaria y Comercio.
Según resolución 10871 del 1° de diciembre de 1999, se legalizó y autorizó ofrecer el servicio público de educación básica y media formal de adultos.
La Escuela Urbana Narcisa Arbeláez y la Escuela Urbana José María Córdoba, ambas del núcleo educativo 635 del municipio de San Rafael, se fusionaron, tomando el nombre de la primera, de acuerdo a la resolución municipal 02 del 31 de enero de 2002.
El 25 octubre de 2002, bajo la resolución 5029, se constituyó en Institución Educativa. Fruto de los procesos de reorganización en el campo educativo, la escuela Narcisa Arbeláez fue integrada a la Institución.
Mediante resolución 135239 de 10 de diciembre de 2014 por el cual se reorganizan y se clausuran unos establecimientos Educativos, se dejan sin efecto unos actos administrativos, y se concede reconocimiento de carácter oficial a la Institución Educativa San Rafael, del municipio de San Rafael, las siguientes sedes:
| SEDE | CÓDIGO DANE | SEDE | CÓDIGO DANE |
| LA REINA | 10566700001313 | LA BALSA | 10566700001309 |
| EL CHARCO | 10566700001303 | CUERVOS | 10566700001308 |
| LOS CENTROS | 105667000001311 | DANTICAS | 10566700001307 |
| LA CUMBRE | 10566700001304 | LA PRADERA | 10566700001314 |
| DANTAS | 10566700001306 | SAN AGUSTÍN | 10566700001310 |
| BRASIL | 10566700001312 | EL GUADUAL | 10566700001315 |
| EL SILENCIO | 10566700001305 |
